《墓場、女子高生》於2016年10月14日至22日之間開演,故事圍繞著一年前自殺的女高中生日野陽子展開,主題探討著生與死的嚴肅課題。百合對自己所扮演的西川,在2016-10-30的博客裡記載道:「這部作品的角色發揮自由度非常高,感覺相當辛苦。我的內心要創造出西川這個人相當困難,視情況而定,她會恐懼、生氣、或者哭泣。如何在不前後矛盾的情況下,展現各種表情、發聲方式、和注意舉止動作。尤其西川是牽動故事走向的重要人物,在她的朋友死前與死後,內心的波動最大,反正非常困難。在細微差別上,捕捉言語的方法也完全不同。外徵所表現的東西與內裡的感情根本不同,也有真心話與場面話。並非只要一股腦地投入感情就好,西川這個要求表現纖細的角色,已經成為我最好的經驗。看似不經意的台詞裡,其實隱含著一團亂的感情。那些細微的場景對我而言是過於深刻的苦戰,而且既要演得像女高中生、又像笨蛋一樣更是困難(後略)。」
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接下來2017年由東寶電影投資,將漫畫《あさひなぐ(薙刀社青春日記)》改編為真人電影與舞台劇兩種版本的連動企劃,從5月20日至6月11日接連在東京、大阪、名古屋等地上演,百合飾演動作舉止陽剛、具有劍道底子的八十村將子。2017-05-26的博客裡她寫著:「唯一具有武道經驗、王牌候選人、但時常與自己內心交戰,是一個非常古道熱腸的人,從出聲方式、談話到行為舉止,跟平常印象有一段很大的差距。『由井上小百合出演時是否會被觀眾注意到這些細節』,我隱約擔心著此事….|ω・`)笑….(中略)…. 這齣舞台劇以傳統武道『薙刀』為主,戴著護具演戲對我來說著實是一番苦戰。作為此角色演出,武打場面對我來說也很辛苦。將子具備劍道的經驗,所以武打場面裡必須把她的特色表現出來。因此我不只學習了薙刀,也上了劍道課。將這個角色以三次元具體呈現出來,實在非常困難,武打場面也帶給我很多煩惱…(後略)」。
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狹義上來說,2017年12月14日至18日上演的《音楽劇『夜曲』nocturne》算是百合參與的第一部音樂劇。雖說是音樂劇,橋段卻十分陰森灰暗,講述縱火魔與小夜(百合飾演)兩人感情的錯綜糾葛,所以她在2017-12-17的博客才寫出既抽象又深奧的記事:「(前略)內容稍微有點難懂,不論哪個時代,在這個不合邏輯的世界中任誰都是孤獨的。可是哪怕一個人不在了,世界也就不成立了。孤獨和共存總是並存的,只是隔著一張紙而已。總覺得好悲傷啊,是一件值得讓人深思的事情」。不過她在此劇中的成長也是有目共睹的,2017-12-29的博客寫道:「歌唱使我非常開心,我漸漸吸收周圍演員出色的部分,然後感覺全都變成了我的血肉,好想擴展自己(演技)的廣度」。這齣音樂劇暫時並未出版BD或DVD,不過百合在第三季46小時TV的個人電視台曾經公開《夜曲》演唱的一些曲目,詳細情況請參照下述視頻:
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2018年4月27日至5月6日上檔的《若様組まいる~アイスクリン強し~》,可說是百合頭一回扮演反派角色:表面上紫堂志奈子是受到眾人喜愛的大家閨秀,暗地裡卻唆使手下排除情敵小泉沙羅,以追求初出茅廬的西洋糕點師傅皆川真次郎。2018-04-21的博客裡,百合寫下:「(前略)由男女不平等的江戶時代進入明治時代後,整個國家開始呼籲解放女性。但是實際上根本沒有什麼改變,各式各樣的規矩束縛著女性。就像大和撫子這個名詞一樣,讓人覺得日本女性出色的地方也很多;透過這個作品,瞭解歷史並學習到了很多。我扮演的角色志奈子也在那個時代,具有反抗的精神卻又細膩地活著。表現的方式非常困難,時常讓我覺得『哇——這該怎麼演啊?』不過也從中感覺到努力的價值(﹡ˆˆ﹡),現在活著的我能和志奈子這角色相遇,到現在為止認為理所當然的價值觀,都應該重新看待了」。
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最新的舞台劇則是《乃木坂46版音樂劇「美少女戰士Sailor
Moon」》,兩階段的公演分別於6月(2018年6月8日至24日)及9月(2018年9月21日至30日),百合負責演出team
STAR的月野兔。除了博客之外,百合也在雜誌專訪一再表示她起初拒絕接演主角月野兔,畢竟她擔心這麼有名氣的作品一旦毀於她手中該如何收拾殘局。《EX大眾》2018年8月號的專訪中,她表示:「(前略)最後一幕月野兔與其他4人再度聚首,彼此十目相對的瞬間我的眼淚就撲簌簌地掉下來了(笑)。十目相對的時候,各種回憶與情感如同走馬燈一般倒映在眼前。一開始站上這個舞台還曾心懷恐懼地說『我絕對辦不到』,等到真正開始排練,就很珍惜跟大家相處的時間。一想到5個人攜手克服那些難關,心中就浮現『謝謝』和『對不起』的情緒,眼淚都快流出來了」。
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